مجلس أمناء المركز هو مجلس استشاري يساعد المركز في إعداد مشروعاته وبرامجه وخططه، ومتابعة عمليات تنفيذها وتقويمها، وتقديم المقترحات المناسبة لتطوير عمل المركز. ويتكون مجلس الأمناء من مدير المركز، وعضو متخصص في مجال عمل المركز من كل دولة من الدول الأعضاء تسميه دولته، وعضو من مكتب التربية العربي لدول الخليج. ويعقد المجلس اجتماعا دوريا كل ستة شهور، ويتناوب أعضاء المجلس الرئاسة كل دورتين ماليتين، بحسب الترتيب الأبجدي للدول الأعضاء.
